A 9 anni fu inserito nel settore giovanile della Lazio e dopo aver completato la trafila, fu aggregato alla prima squadra nell’estate del 1993, all’età 17 anni. Dino Zoff lo fece esordire in Serie A il 13 marzo 1994, non ancora maggiorenne e cominciò a diventare il simbolo della Lazio e della lazialità. 

Nella prima stagione collezionò 2 presenze, nella seconda salì a 11, nella terza arrivò a 23, che furono sufficienti per garantirgli la chiamata in Nazionale per gli Europei del 1996. Nella stagione 1997-98 la Lazio conquistò la Coppa Italia battendo in finale il Milan con un gol segnato da Nesta, e fu sconfitta nella finale di Coppa Uefa dall’Inter.

L’anno dopo stette lontano dal campo per mezza stagione a causa di un infortunio rimediato ai Mondiali di Francia e la Lazio sfiorò lo scudetto, ma vinse l’ultima edizione di sempre della Coppa delle Coppe. La stagione 1999-2000 si aprì con la vittoria contro il Manchester United in Supercoppa Europea e si concluse con lo scudetto e la Coppa Italia conquistati nell’anno del centenario. 

Nesta lasciò la Lazio nell’estate del 2002, passando contro la sua volontà al Milan, dove ha giocato per 10 anni, conquistando due scudetti, una Coppa Italia, due Supercoppe Italiane, due Champions League, due Supercoppe Europee e un Mondiale per club.

L’esordio in Nazionale per Nesta arrivò il 5 ottobre del 1996, nelle qualificazioni ai Mondiali di Francia ’98. Ebbe però un brutto rapporto con i Mondiali, pur avendone vinto uno nel 2006, infatti in in tutte e tre le edizioni disputate patì tre gravi infortuni che gli permisero di giocare solo nelle fasi a gironi. Nesta ha giocato la sua ultima partita in Nazionale l’11 ottobre 2006, a Tbilisi, contro la Georgia, chiudendo con 78 presenze e zero gol.

Dopo aver disputato due stagioni al Montreal Impact, nella Major League Soccer americana, e una in India al Chennaiyin, nel 2013 appese gli scarpini al chiodo e cominciò la carriera da allenatore.